En 1798, la France était dirigée par un Directoire, un comité de cinq membres chargé du pouvoir exécutif. Le Club helvétique, fondé à Paris, se passionne pour les élans révolutionnaires français. Frédéric-César de La Harpe, membre influent du Club helvétique, encourage les Vaudois à renverser Berne. Le 24 janvier 1798 éclate la révolution vaudoise. Avec l'aide des armées françaises, les patriotes de ce pays-sujet se révoltent contre Berne et se déclarent indépendants. Pour le Directoire, qui cherche à s'assurer le libre passage vers l'Italie par les cols alpins, c'est l'occasion rêvée : les troupes de Napoléon Bonaparte entrent en Suisse. En mars 1798, elles prennent Berne, puis occupent tout le territoire de la Confédération Suisse.
La Suisse était désormais sous domination française et son système politique fut transformé et calqué sur le modèle français. La Confédération helvétique devint donc la République helvétique et adopta un gouvernement centralisé et une réplique exacte de la Constitution française de 1795. Le modèle français ne s’avéra cependant pas du tout applicable à la Suisse qui était, de par ses différences de religion, de langues et de culture, totalement inadaptée à un régime unitaire. La situation intérieure dégénéra rapidement : le territoire suisse fut attaqué de partout par des puissances voisines voulant s’approprier les cols alpins, et le gouvernement, miné par des luttes internes entre fédéralistes et unitaristes, devant en plus planter les bases d’un nouvel État et trouver les ressources financières pour lancer l’économie de la nouvelle République, fut incapable d’imposer son autorité. Une fois que l’occupation française s’allégea, la guerre civile éclata dans le pays. La République helvétique capitula même le 18 septembre 1802 face aux fédéralistes.
La situation intérieure catastrophique de la République helvétique ne constituait cependant pas une menace pour la France et Bonaparte préféra laisser s’embourber un problème dont il n’avait pas à s’occuper pour l’instant, tout en s’assurant de pouvoir en tirer un intérêt par la suite comme il l’espérait depuis le départ. Ce sont en effet les Suisses eux-mêmes qui durent finalement se résoudre à demander l’aide de Bonaparte, devenu premier consul en 1799. Celui-ci leur promit son aide en 1802 et ordonna la rédaction d’une nouvelle Constitution suisse sous le contrôle de quatre sénateurs français. C’est finalement en 1803 qu’il dévoilera à une délégation suisse un texte intitulé : Acte de médiation.

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